Розорення
Після закінчення війни в монастирі відновилося нормальне життя. Поступово засаджувалися потерпілі під час війни сади і виноградники, відновлювався монастирський хутір.
На фоні тихого існування монастиря великою подією було святкування 1000-річчя обителі в 1891 році.
До цього часу був побудований готель, будинок для братії, оновлені застарілі меблі, розбитий парк і оновлені сходи до моря. До ювілею відлили спеціальну медаль з видом монастиря і бронзові монети із зображенням Георгія Побідоносця на коні. На ці роботи були потрібні значні витрати і монастирська казна спустіла. Настоятель архімандрит Никандр в цей час відзначає таку безмірну бідність монастиря, яка примушувала його на урочисту літургію одягатися в запозиченому в інших обителях.Прибутки монастиря і справді не були великими. Так в 1894 році всі види доходів складали 4090 рублів. Загальна сума монастирських коштів складала 26702 рублі. Для порівняння та ж сума Херсонесського монастиря в цей же рік обчислювалася в 74106 рублів.
Будівництво, тим часом, продовжувалося. В 1893 році завершені роботи по заміні дерев'яного храму над печерною церквою Різдва Христова кам'яною будівлею. На особисті кошти настоятеля Никандра побудований двоповерховий кам'яний будинок. Були розбиті парки і оновлені сади, упорядковане кладовище, де заповів себе поховати, міністр духовних справ і народної освіти А.Н. Голіцин.
В 1898 році монастир відвідали імператор Микола Олександрович з імператрицею. Він взяв участь в закладці соборного храму Вознесіння Господнього, в пам'ять позбавлення від небезпеки, що загрожувала йому в Японії в 1891 році. Зовні проектований храм представляв майже точну копію храму святого Володимира, зведеного в Севастополі над усипальнею адміралів.
Перше десятиріччя XX століття характеризувалося подальшим зміцненням економічного стану Балаклавської обителі. Але з початком першої світової війни і наступними за нею революційними бурями почався різкий спад.
В 1926 році в монастирі залишалося 12 ченців, які бідували, не маючи ніяких доходів. Цього ж року за рішенням міських властей були закрито дві церкви, потім ще дві. Монастир був скасований за ухвалою Кримського ЦВК від 29 травня 1929 року. На прохання релігійної общини майже до 1930 року Хрестовоздвиженська церква використовувалася віруючими. Споруди монастиря були передані Курортному управлінню, а потім в них розмістилася військова частина.
За радянських часів на території монастиря була розташована військова частина, і через це археологічні дослідження на його території практично не велися. Лише кілька років тому в монастирі була відновлена служба. Сьогодні існує тільки печерний храм Різдва Христова. Але відродження продовжується, відновлюється і розчищається територія. В 1993 році на скелі Св. Явлення, там де грецькі мореплавці, згідно легенди, знайшли ікону, був встановлений хрест. Відновлюється готель, збираються засоби для будівництва храму Св. Георгія.
Тепер знову в тиші мису Фіолент звучить молитва. Знову в обитель поспішають люди, не дивлячись на те, що вона далеко від міста. У будь-яку пору року, в будь-яку погоду.
У Севастополі в 1927 році нараховувалось 28 православних храмів, 27 – магометанських, 3 – єврейських, 1 – римських-католиків, 1 – вірмено-григоріанський, 1 – караїмський, 1 – лютеранський, 2 – євангелістів-баптистів, 1 – адвентистів 7 дня, та 1 біблейсько-іудо-християнсько-апостольська церква бога живого сіоністів Ісуса Христа.
Взаємодію з ними здійснював Церковний стіл адміністративного відділу Севастопольського райвиконкому, який в травні 1925 року був перейменований в Стіл релігійних культів. Вся інформація про релігійні общини та їх духівників формувалась в таємні справи і вони були об’єктами уваги виконавчої влади та силових структур. Кожний духівник реєструвався в Церковному столі і брав письмовий дозвіл на культову діяльність.
Монахи, які відмовлялись від монаршого життя і не займались проповідями, на обліку не перебували, а ті, що були поза штатом і вели проповіді виявлялись шляхом опитування населення, викликались повістками і до них встановлювались обмеження, шляхом відбору підписок про заборону діяльності, а ті, хто продовжував діяльність, переслідувались.
По сільських радах Криму був розісланий документ такого змісту: „По селах і хуторах Кримської республіки ходять з місця на місце бродячі попи, мули, ксьондзи, які ведуть антирадянську агітацію... Необхідно пильно слідкувати за такими особистостями і в кожному окремому випадку доповідати СевРВКа...”Закони комуністів-антихристів обмежували священнослужителів в громадянських правах, у правах вільно займатись професійною діяльністю та й ще позбавляли їх виборчих прав.
Деякі священики під тиском силових органів відрікались публічно від сану, але це були одинокі випадки.
Влада приймає рішення про виселення із Севастополя 2000 осіб, які позбавлені виборчих прав, а їх житло передає військовим, що прибули з Росії разом із балтійським крейсером „Профінтерн” і лінкором „Паризька комуна” Населення міста за тиждень збільшилось на 8000 росіян.
21 травня 1930 року постановою Особливої комісії Севастопольської міськради було в десятиденний термін видворено з міста 71-річного сліпого ієромонаха Херсонського монастиря Христофора Андрійовича Поступака, 85-річного колишнього ієромонаха Церкви міської лікарні Митрофана Никифоровича Василька, колишнього настоятеля Херсонського монастиря Деонисія Вакуловича Чудновеця, архієпископа Покровського собору Миколи Федоровича Розанова, ієромонаха Августина Івановича Малишева та священика Миколу Михайловича Самодурова. До цього часу доля їх не відома, адже спеціально відведених місць для їх перебування не визначено. Вони просто були знищені як і інші священнослужителі в ті часм.
В липні 1927 року був спущений циркуляр „Про заборону іноземцям займатися релігійною пропагандою”. Недовзі, після виходу циркуляру іноземним духівникам були видані приписи про відмову в релігійній діяльності, їх зняли з обліку в Церковному столі, а відомості направили в ГПУ.
Після революції в 1929 році монастир був частково знищений. Дві церкви, що розміщались на Нижній терасі, були підірвані динамітом. Вибух був такої сили, що складена комуністами-урядовцями легенда про землетрус, який зруйнував тільки ландшафт георгіївського схилу і Нижню частину монастиря, до цього часу існує.
В 1930 році комуністи ліквідували ще дві церкви монастиря, познімали дзвони і хрести, вивезли 12 мішків документації, пограбували церковний посуд і унікальну бібліотеку. Монахів, що не бажали покидати монастир, зігнали в одну із печер монахів-анахоретів, знищили і замурували., а землю конфіскували. Після їх ліквідації в уцілілих монастирських будівлях було підсобне господарство Інституту фізичних методів лікування ім. Сєченова, будинок відпочинку, а з кінця 1939 року – Військово-політичні курси Чорноморського флоту і до цього часу там дислокуються різні військові частини Чорноморського флоту Російської Федерації. Територія монастиря і підходи до нього на відстані 30 кілометрів добре охоронялись до 1992 року і існування святині майже для двох поколінь було невідомим.З 1993 року частина Нижньої території, де була Георгіївська церква у кількості 8 га передана православній громаді і з 6 травня 1993 року на Нижній території монастиря і у відновленій печерній церкві здійснюється Служба Божа.
۞