Сопротивление Чехии и Венгрии власти Габсбургов.
Статус собранных земель оказался неоднородным. Венгрия ещё в первой половине XVII в. получила гарантию сословных и религиозных свобод наряду подтверждением своего особого статуса во владениях Габсбургов.
В Чешском королевстве, напротив, произошло усиление центральной власти за счёт сословного представительства и ликвидации религиозных свобод. Это было следствием поражения Пражского сословного восстания 1618-1620 гг. Фердинанд II, избранный в 1617 г. королём Чехии, дал понять, что не собирается соблюдать религиозных свобод чешских сословий, значительная часть которых принадлежала к гуситским и разного рода протестантским общинам. Он создал регентский совет Чехии, состоявший преимущественно из католиков, ввёл цензуру и запретил не католикам занимать должности в центральных органах власти. В такой напряжённой ситуациипротестанты созвали в Праге собрание, которое имперские наместники признали незаконным. В ответ чехи вторглись в королевский замок на Градчанах и после бурной ссоры с наместниками выбросили из окна двух из них. Этот эпизод стал началом Тридцатилетней войны (1618-1648 гг.). Для поддержки требований чешских протестантов князь Семиградья Габор Бетлен в 1618 г. двинулся с войском к Вене. Позже он дважды угрожал Вене, получая подтверждение свобод для венгерских протестантов. В 1619 г. чешский сейм лишил Фердинанда II Габсбурга короны, которую предложил Фридриху V Виттельсбаху, рейнскому палатину. Война стала неизбежной. В первой большой битве 8 ноября 1620 г. у Белой Горы около Праги войска Фердинанда Виттельсбаха, прозванного «зимним» королём Чехии, были разбиты. Он бежал, оставив своих новых подданных на милость победителя Фердинанда II.
Месть Габсбурга в отношении взбунтовавшихся подданных была суровой. По приговору специального трибунала были казнены предводители восстания, которые оказались настолько недальновидными, что не ушли за границу вместе с «зимним» королём, а также все видные участники восстания.
Их имущество подверглось конфискации. Католицизм был провозглашён единственной государственной религией. Протестанты, не желавшие переходить в католичество, вынуждены были удалиться в принудительную эмиграцию. Одновременно Фердинанд II приступил к реформам устройства Чешского королевства, установив наследование Габсбургами престола (до этого они были выборными монархами), ограничив права земельных сеймов и ликвидировав автономию администрации. Культурные достижения протестантов в значительной мере подверглись уничтожению: сжигались протестантские книги и произведения искусства; на место старого чешского протестантского дворянства было посажено новое католическое, в большинстве своём немецкоязычное. Чехи подверглась пацификации, а их земли беспощадно опустошены. Чешская корона окончательно потеряла в ходе войны Лужицы, которые были присоединены к Саксонии.Во второй половине XVII в. восстание против Габсбургов подняли венгры. Во главе его встал магнат из Словакии Имре Тёкёли, поддержанный турками, которые в 1683 г. осадили Вену. Осада не удалась, и Габсбурги, используя победу, утвердиди в венгерском сейме 1687 г. свои права на корону Арпадов. Усиление власти Габсбургов в непрерывной борьбе с турками являлось важнейшим геополитическим сюжетом в истории южных территорий Центрально-Восточной Европы в XVI-XVII вв.